加入布鲁克道尔顿前，王洪琦在Millenium Pharmaceuticals任资深科学家，负责液质联用质谱在药物筛选及天然产物方面的研发。此外，他还就职于PerseptiveBiosystems(后被ABI公司收购)，先后担任资深科学家、实验室经理、产品经理等职。先后发表论文10余篇。 王洪琦毕业于山东大学生物系。1986年，作为China-United States Biochemistry &Molecular Biology Examination and Application (CUSBMBEA) Class VI 留美学者，就读于美国著名的普渡大学（Purdue University），获得生物化学和分析化学博士学位。此外，他还拥有北京大学EMBA。
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