2024年2月2-4日 腾讯网络会议
背景简介：
随着后基因组时代生信分析方法的不断完善和创新，临床与生信的关联越来越密切。我们可以通过高通量数据快速、准确、创新的筛选到自己课题方向相关的关键靶标以及机制。高通量数据来源广泛，总体分成两类：（1）采集样本进行测序（自有数据）；（2）公共数据库中免费下载高通量数据。
公共数据库的数据样本量大，免费而且选择范围广。常见的数据库有TCGA数据库和NCBI GEO数据库，里面含有大量的不同研究方向的样本高通量数据。
癌症是临床医学中非常重要的疾病方向。TCGA数据库中包含了常见了40种癌症方向的高通量数据及临床信息。大家对TCGA数据库的使用近几年也在逐渐增加！另外，其他疾病的研究可以通过GEO数据库进行。
本次培训不仅仅要大家了解多种不同的生信分析思路，学会TCGA & GEO数据库的基础操作，比如 数据筛选，下载，差异分析，功能通路分析，预后分析等等，还有复杂的预后模型构建筛选风险基因的实操内容。可以说是基础分析与高级分析并存。
培训班针对生信0基础的学员进行教学，包教包会。
讲师简介：宋伟博士
成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在上海、北京、广州、沈阳、南京等城市举办过几十场培训班。
主办方：上海统循会务咨询有限公司
会议时间：2024年2月2-4日（2天1晚）
第1天 晚上19:00-22:00（线上）
第2、3天 白天9:00-18:00
会议地点：线上：腾讯网络会议室
会务费用：3200元/人
优惠政策：
1.提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料
2.三人组团报名，每人优惠100元
3.四人组团报名，每人优惠200元，
4.六人组团报名缴费，可免1人参会费！
可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。
注意事项：使用win7以上系统的电脑，现场不得录音录像。上课软件为Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio。
另外需安装腾讯会议软件。
详细日程参见日程表
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TCGA&GEO数据分析及癌症预后模型构建靶标筛选日程 |
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时间安排 |
大纲 |
详细内容 |
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第一天 晚上 |
19:00~20:30 |
生信与临床关联，以及文献解读 |
生物信息介绍，与临床的密切关联； 国自然前期基础研究中生信的作用。 |
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高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。 |
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经典生信SCI文章的解读，了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路。 |
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20:45-22:00 |
R语言学习 |
R软件与Rstudio软件下载、安装、界面。 R语言基础：元素、向量、矩阵、数组 R语言函数：计算函数、统计函数等 R语言路径确认及修改 R语言文件（图、表）的导入和导出 R语言包：常见R包的下载安装方法 |
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第二天
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9:00~ 10:20 |
TCGA数据库 NCBI GEO数据库
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TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介) TCGA数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据） GEO数据库介绍： 数据量最大的高通量公共数据库。 GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。 |
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茶歇 |
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10:30~12:00 |
TCGA相关的下载工具 |
TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载 |
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午饭休息 |
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13:30~15:20 |
差异分析及作图 |
GEO2R工具 R语言：差异分析limma包使用、火山图制作 |
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茶歇 |
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15:30~17:30 |
数据的后续高级分析工具实战 |
聚类热图制作 R语言pheatmap包做聚类热图 DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析 |
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第三天 |
9:00~ 10:20 |
蛋白互作分析及网络图构建美化 |
蛋白与蛋白互作分析（PPI）——STRING数据库 |
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cytoscape软件 ：网络图构建及网络拓补学分析 筛选关键hub基因 |
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茶歇 |
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10:30~12:00 |
癌症预后模型构建R语言实操 |
单因素及多因素cox回归分析 |
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LASSO回归分析筛选特征因子基因 |
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生存预后风险预测模型效能评估和比较分析 |
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独立生存预后因素的生存率模型的构建 |
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午饭休息 |
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13:30~15:20 |
TCGA相关的在线分析工具实操 |
TCGA数据分析——突变分析、差异分析、关联分析、生存分析、miRNA调控靶基因分析等。 Ualcan数据库学习 GEPIA数据库学习 |
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茶歇 |
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15:35~17:00 |
思路讨论 |
基于GEO数据库多套数据整合（meta）分析思路 |
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基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路 |
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基于TCGA的甲基化与转录组整合分析思路 |
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基于TCGA的基因组与转录组整合分析思路 |
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串讲 |
实操大串讲 |
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备注：讲师基于windows系统讲解，请尽量使用windows电脑参加 |
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通过本次学习，您可以学会以下作图（包括但不限于）
