目前主持清华大学生命科学学院生物信息学研究室的工作，并联合成立了跨系、跨学科的生物信息学研究所和教育部生物信息学重点实验室，任教育部生物信息学重点实验室常务副主任。 开设的课程：生物物理（本科生,与隋森芳教授合讲），1994—2009年；功能基因组信息学和系统生物学（研究生），1999—2009年。主要研究领域是基因组学、蛋白质组学与生物信息学、系统生物学。目前正围绕功能基因组信息学和系统生物学开展基础和应用研究。研究课题包括:从基因组到蛋白质组结构、功能的分子生物学遗传信息的多层次研究，以及从分子到细胞、到复杂疾病的综合分析的系统生物学研究。1)基于序列的蛋白质功能研究 孙之荣,华苏军,张松,过涛,周云等，2008年教育部自然科 学二等奖。 2)清华大学“纪念梅贻琦学术论文基础研究奖” 二等奖三次，2006、2007、2008年。 3)清华大学基础科学研究奖，1998年。 现任中国生物物理学会、中国细胞生物学会、中国生物化学学会会员；中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会会长；北京系统工程学会理事；“生物化学与生物物理进展”、“生物物理学报”编委； editorial board of "Journal of Biomedicine and Biotechnology."
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